《第三波》故事源於歷史課上討論法西斯主義時一個學生純真的提問：「為甚麼那麼多德國人很容易便被引導去否認大屠殺？」

為了讓學生從體驗中學習，年輕歷史科老師 Ron Jones 決定將課堂轉化成極權組織【第三波】，與學生進行一次仿效德國納粹主義的洗腦實驗。

【第三波】有它的規條、制度、理念，
順者，會受同伴敬重；逆者，會被逐出組織。

學生們處於紀律、秩序及權力的高壓框架下，不單投入實驗，享受着高人一等的優越感，甚至甘願為此放棄自由……

短短幾天的洗腦實驗，竟然把一班活潑精靈的高中學生完全改變；

短短幾天的特權經驗，差一點令年輕有為，崇尚自由的教師陷入權慾深淵。